南方科技大学-超算中心

本项目的目标也是建立面向全校的公共计算平台，集中管理和运行主要的商用软件、开源软件和自主研发软件，能够支持千核以上应用及大内存、大存储应用，满足全校师生大部分通用计算求解的需求。

　　学校各科研单位超算需求一览表

应用单位	典型应用方向	常用软件
生物	分子动力学、序列比对、拼接、基因组学分析	BWA、Velvet、Gromacs、自主软件
环境	环境监测模拟与分析、智能决策、三维可视化呈现、GPU加速	WRF、WRF-chem、自编软件
化学	分子动力学、第一性原理、材料模拟、化工过程、凝聚态物理	高斯、ADF、VASP、MS；gromacs、lammps等开源软件和自主软件
材料
物理
金融	软件开发、大数据、分析统计、并行计算方法研究	Matlab、R、Bigdata（MapReduce）
数学	软件开发、大数据、分析统计、并行计算方法研究	Matlab、R、Bigdata（MapReduce）

项目背景：

　　南方科技大学是一所创新型大学，目标是迅速建成国际化高水平研究型大学，建成中国重大科学技术研究与拔尖创新人才培养的重要基地。南方科技大学学科设置以理工科为主，兼具部分特色人文社会学科与管理学科。首批设立物理学、化学、生物学、微纳材料与器件、金融数学与金融工程等5个系，开设物理学、化学、生物信息学、生物技术、微电子科学与工程、金融数学等6个专业。

　　本期项目旨在满足校内科研需求，当前学校各大学科中计算需求量较大且迫切的学科主要集中在物理、化学、生物、金融数学等领域。

解决方案概述：

应用特点分析

　　据初步统计，各学科超算应用领域的需求整理见下表。

　　学校各科研单位超算需求一览表

应用单位	典型应用方向	常用软件
生物	分子动力学、序列比对、拼接、基因组学分析	BWA、Velvet、Gromacs、自主软件
环境	环境监测模拟与分析、智能决策、三维可视化呈现、GPU加速	WRF、WRF-chem、自编软件
化学	分子动力学、第一性原理、材料模拟、化工过程、凝聚态物理	高斯、ADF、VASP、MS；gromacs、lammps等开源软件和自主软件
材料
物理
金融	软件开发、大数据、分析统计、并行计算方法研究	Matlab、R、Bigdata（MapReduce）
数学	软件开发、大数据、分析统计、并行计算方法研究	Matlab、R、Bigdata（MapReduce）

详细解决方案：

　　浪潮集群整体方案分为节点部分，存储部分，网络部分，基础设施部分及软件部分。软件部分包括Intel Enterprise Edition Lustre企业版并行文件系统，集群管理监控及作业调度软件Cluster Engine和应用特征分析软件天眼等，满足所有节点授权使用。

　　系统整体指标汇总如下：

项目	性能指标
计算节点双精度理论浮峰值	256.1376Tflops（其中CPU 232.8576Tflops，GPU 23.28Tflops）
存储系统	IEEL并行文件存储系统，在线存储43T，近线存储528TB
存储系统带宽	聚合带宽可扩展至10GB/s
计算和存储网路	所有节点全线速无阻塞100Gb/s高速互联网络，324口核心网络，可扩展至648口

系统拓扑

客户收益：

　　浪潮具备大型超算系统的构建和运营经验，并提出高性能高可靠的软硬件一体化解决方案，在此基础上为用户按需定制专业应用软件，重视用户的应用需求。本次建设的超算中心能够为客户提供统一的高性能+大数据的计算和存储资源服务。